公正取引委員会と中小企業庁は、下請取引が公正に行われているか、親事業者と下請事業者に書面調査を実施し（年１回程度）、必要に応じて親事業者への立入検査を行っている（２～３年に１回程度）。中小企業庁は違反を発見すると、公正取引委員会へ是正措置をとるように請求する。公正取引委員会は、違反行為をやめるよう勧告等の行政指導をし、原則として、違反した事業者を公表する。2010年度の勧告件数は15件で、指導件数は過去最多の4,226件であった。
※＜参考＞公正取引委員会「平成22年度における下請法等の運用状況及び企業間取引の公正化への取組（概要）」2011年５月18日
http://www.jftc.go.jp/pressrelease/11.may/110518.pdf