公益通報者保護法の趣旨を踏まえ、事業者が、事業者内部の法令違反行為等に関する通報に関して、受付から調査、是正措置の実施と再発防止策の策定までの処理を適切に行うことが求められている。そのためには、経営幹部を責任者とし、部署間横断的に通報とその処理がなされる仕組みを整備し、適切に運用する必要がある。また、内部規程に通報処理の仕組みについて明記し、特に公益通報者に対する解雇や不利益取扱いの禁止を明記することが求められる。
　運用にあたっては、「通報者の保護を含む個人情報の保護」に十分配慮するとともに、通報処理後においても、法令違反行為等が再発していないか、是正措置や再発防止策が十分に機能しているかを確認し、必要に応じ、通報処理の仕組みの改善等を行う必要がある。