内部通報制度認証とは、優れた内部通報制度を整備・運用する企業を高く評価する認証制度。認証には「自己適合宣言登録制度」と「第三者認証制度」の２種類がある。
　自己適合宣言登録制度は、事業者が自らの内部通報制度を評価して、認証基準に適合している場合、事業者からの申請に基づき、指定登録機関がその内容を確認した結果を登録し、所定のＷＣＭＳマークの使用を許諾する制度。認証基準は消費者庁のガイドラインに準拠しているが、形式的にガイドライン例示の施策が実施されているかではなく、本質的な趣旨に適った取組が実質的になされているかで判断される。
　第三者認証制度は、中立公正な第三者機関が事業者の内部通報制度を審査・認証する制度。
　国は、認証制度の円滑な導入・運用のため、まずは比較的簡便な仕組みといえる自己適合宣言登録制度を導入し、その運用状況を踏まえつつ、第三者認証制度を導入していく方針で、現在は自己適合宣言登録制度のみ運用されている。