一類から三類に分類される感染症（※）と新型インフルエンザ等感染症を除いた、既知の感染症で、一類から三類に準じた対応をしなければ、その感染症のまん延により国民の生命と健康に重大な影響を与えるおそれがあるとして政令で定めるもの。
　１年以内の政令で定める期間に限り、政令で定める感染症法の規定が準用され、都道府県知事は、患者へ入院を勧告したり、一定の業務について就業を制限することができる。また、入院の勧告に従わない場合は、強制的に入院させることもできる。
　
　（※）感染症法では、感染力や罹患した場合の重篤性等による危険性に応じて、感染症を分類している。エボラ出血熱やペストは危険性が極めて高い一類感染症、コレラや腸チフス等は危険性は高くないが集団発生を起こしうる三類感染症に分類される。