農林水産省は9月13日、化学肥料を使った可能性のある土で育てた苗から栽培した米に格付けを行って有機JASマークを付け、有機栽培米と表示して販売したとして、有機米生産者の認証を受けていた藤本農園（福井県）に対し、「農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律」（JAS法）に基づく改善命令及び有機JASマークの除去または抹消命令を行うため、行政手続法に基づく弁明の機会を付与する手続きをとったことを公表した。
　農水省が行った立ち入り調査の結果によると、少なくとも2005年産と2006年産の米88トンが、化学肥料を使った可能性のある土で育苗したことを認識した上で有機JASマークを貼付しており、これはＪＡＳ法第18条第１項の規定に違反する。また2006年産のもち米の一部については、有機農産物でないにもかかわらず有機栽培米と表示しており、同法第19条の15第2項の規定違反となる。